Unit Audit Dalam telah ditubuhkan pada 1 Februari 2000. Pada 1 Julai 2013, Mesyuarat Pengurusan Eksekutif (MPE) Bil. 17/2013 telah bersetuju dan mengesahkan pindaan nama Unit Audit Dalam kepada Bahagian Audit Dalam.

Bahagian Audit Dalam Universiti Pendidikan Sultan Idris (BhAD UPSI) secara pentadbirannya diletakkan terus di bawah Naib Canselor manakala secara fungsinya bertanggungjawab kepada Jawatankuasa Audit Universiti Pendidikan Sultan Idris.

Jawatankuasa Audit Universiti terdiri daripada empat (4) orang ahli dan seorang setiausaha (Juruaudit Dalaman). Tiga orang ahlinya adalah di kalangan Ahli Lembaga Pengarah Universiti dan dipengerusikan oleh Yang Berbahagia Tan Sri Dato' Dr. Mohd Noor bin Ismail mulai Oktober 2016.

Kemantapan struktur organisasi BhAD-UPSI diberi penekanan kerana BhAD merupakan suatu bahagian yang penting dalam menentukan "accountability" dan pengurusan kewangan dapat dijalankan dengan berpatutan. Ia juga adalah selaras dengan kehendak pekeliling-pekeliling berikut:

  1. Surat Pekeliling Am Bil 3 Tahun 1998. Garis Panduan Mengenai Peranan dan Tanggungjawab Kementerian Lembaga Pengarah dan Ketua Eksekutif Dalam Pengurusan Badan Berkanun Persekutuan.
  2. Pekeliling Perbendaharaan Bil 2 tahun 1979. Pelaksanaan Audit Dalam Di Agensi-Agensi Kerajan Persekutuan.
  3. Surat Pekeliling Perbendaharaan Bil. 2 Tahun 1996 - Garis Panduan mengenai Penubuhan Jawatankuasa Pengurusan Kewangan Dan Akaun Di Kementerian, Jabatan Dan Badan-badan Berkanun Persekutuan.
  4. Bab 11 - Peraturan Perakaunan dan Kewangan Universiti